软件说明

runjob是一款python语言编写的用于多任务管理和编排的软件,可用于在linux主机上管理本地服务器SGE集群Slurm集群环境中运行的任务。提供了一种方便高效的任务管理和资源控制方式,能实时监控和反馈任务状态,并对任务定制化管理,整合了生物信息分析应用场景和需求,更能方便生信人员进行任务的运行和管理。软件运行占用的cpu和内存资源约为0 ~ 0.1%

runjob最新版本为v2.12.1,总共包含6个命令工具:

  • runjob : 提供了以job文件形式定义的任务和任务依赖关系的运行方式,支持本地服务器SGE集群Slurm集群运行环境。

  • runflow : 命令功能和runjob一样,为runjob的别名。

  • runshell : 提供了shell脚本形式的任务投递工具,每行命令作为一个任务并行运行,支持本地服务器SGE集群Slurm集群环境。

  • runsge : 命令功能和runshell一样,为早期版本使用的命令。

  • qs : 提供了简易的本地服务器SGE集群运行环境的任务查看功能。

  • qslurm : 提供了Slurm集群运行环境的任务查看功能。

runjobrunflow命令用于job文件格式的任务编排调度,runshellrunsge命令用于shell脚本格式的批量任务投递。